Hội khỏe Phù Đổng được tổ chức để góp phần duy trì và đẩy mạnh cuộc vận động “Toàn dân rèn luyện thân thể theo gương Bác Hồ vĩ đại”, thường xuyên tập luyện và thi đấu các môn thể thao trong học sinh phổ thông để nâng cao sức khoẻ, phát triển thể chất toàn diện cho học sinh. Hội thi này cũng được tổ chức để phát hiện, bồi dưỡng và đào tạo tài năng thể dục thể thao cho đất nước; tổng kết, đánh giá công tác giáo dục thể chất và hoạt động thể thao trong các trường học.